De la fauna de la isla el grupo de invertebrados es el de los más representativos, destacamos dos especies: una fósil, Las Antophoras, y otra actual, la cochinilla. Ésta última se aprecia en el paisaje constituyen las manchas blancas que aparecen en las palas de tunera, un insecto de gran importancia en la economía del pasado al obtenerse un tinte carmín muy apreciado.

Fuerteventura posee una gran representación de avifauna con un número importante de especies nidificantes (algunas endémicas) y migratorias. Las posición estratégica de las Islas como zona de paso e invernada en el extremo de una ruta migratoria, realza la importancia de sus zonas húmedas más allá de la escala local. Las costas vírgenes de Fuerteventura y las escasas salinas y presas, sirven de “parada y fonda” a estas especies.

Las aves más características de los llanos son: La hubara canaria o avutarda, el corredor, el alcaraván, el alcaudón real, el cernícalo y la abubilla o tabobo, entre otras. En los barrancos podemos encontrar a la terrera marismeña, la tarabilla canaria, el herrerillo, el gorrión moruno, etc.,

En las áreas montañosas se encuentran una serie de aves nidificantes como el guirre, la aguililla, el camachuelo trompetero, el águila pescadora, la lechuza común,etc. Tanto el águila pescadora (guincho) como el guirre se encuentran en peligro de extinción.

Dentro de las aves marinas podemos destacar la pardela, como ave nidificante, y al chortilejo grande, al chorlito gris, al correlimos y a la garceta, como aves migratorias.

En el apartado de la fauna marina se pueden clasificar sobre unas 390 especies de peces agrupadas en 117 familias. Debido a las características propias de esta agua podemos diferenciar dos zonas o ecosistemas, el mar de Barlovento del Norte que estaría comprendido entre el Cotillo y la Punta de Jandía; y el mar de Sotavento, que comprendería entre Corralejo y la Punta de Jandía. Entre Corralejo y El Cotillo podemos considerarlo un tramo de transición donde cohabitan especies características de ambos ecosistemas.

En el mar del Norte las aguas son ligeramente más frías y más ricas en plancton dando lugar una abundancia de vida animal y una mayor variedad de especies, además sumamos que este mar está menos pescado.

La mayoría de las especies desarrollan su ciclo de vida completo en Fuerteventura, luego están las especies visitantes como dorados, sardinas y picuíllos. Por familias predominan los espáridos: bogas, salemas, sargos, chopas, galanas, roqueras, samas, brecas, bocinegros, besugos, etc... especies típicas de la plataforma.

En los mariscos están ampliamente representados los serránidos, no tanto por la variedad de peces como por su cantidad: meros, cabrillas, abaes, ... y los lábridos: pejeverdes, carajillos reales, romeros, etc.

Los túnidos y similares están representados principalmente por los bonitos, patudos, rabiles y sierras, además de por las bicudas y las abundantes caballas.

De entre otras especies los más importantes son:

En la plataforma: arañas, burros, fulas, gallos, lisas, morenas, salmonetes, berrugatos y viejas, entre otras.

En el veril y sus proximidades: congrios, chernes, sables, hediondos y fulas de hondura, como más representativos.

Los pelágicos: agujas, voladores, dorados, pejerreyes, peces espada, sardinas y picuíllos.

Los crustáceos, representados por los cangrejos: la santorra –centolla-; los cangrejos blanco y colorado (viven en las orillas y se pescan con la mano, las noches sin luna cuando la marea está baja), el juyón y la carnada de vieja.

Los camarones son muy importantes por su abundancia. La langosta canaria es muy común en las cuevas del mar del Norte, a la cual aquí se le llama bogavante, y en los lugares umbríos de las rompientes de este mismo mar hay percebes en abundancia.

Los moluscos más abundantes son los mejillones. La costa de Barlovento está, en gran parte, cubierta de ellos, pudiendo encontrar burgaos, cañaillas y lapas. Existen asimismo infinidad de especies de caracolas y grandes conos.

Entre los cefalópodo abundan en especial los pulpos, calamares, chocos y potas.

En alta mar son frecuentes las tortugas careta-careta o bobas, al igual que las tortugas laúd, que anidan en algunas playas de la Isla.

Los mamíferos marinos más frecuentes son las toninas (defines) y algunas ballenas, habiéndose constatado la presencia ocasional de focas monje.

Los anfibios están representados por la rana común, que precisa de zonas húmedas como charcas y presas para subsistir.

Los reptiles están representados por los lagartos, la lisneja o lisa majorera y los perenquenes.

Los mamíferos que habitan la isla han sido introducidos de forma voluntaria o involuntaria por el hombre, a excepción de los murciélagos. Entre los animales domésticos se encuentra el perro (donde el bardino resulta ser una raza autóctona), la cabra, el cerdo, la oveja, el caballo, el dromedario, el burro, el gato, etc.

Los mamíferos no domésticos se encuentran por toda la Isla, y reseñamos la presencia del erizo, la musaraña, el murciélago, el conejo, la rata, el ratón y la ardilla moruna, especie introducida recientemente desde África.