Fuerteventura muestra un ecosistema subdesértico y de ahí que su cubierta vegetal es muy pobre. Los factores que han influido a esta situación han sido la aridez del clima, y también el excesivo pastoreo que ha sufrido Fuerteventura.

En el pasado Fuerteventura fue el granero del Archipíelago canario y mantenía la principal cabaña ganadera de las islas, y aún hoy sigue siendo así aun cuando este tipo de economía se encuentra en declive. Precisamente el declive del pastoreo y el sector ganadero está permitiendo una lenta recuperación de la vegetación en la isla.

La aulaga forma parte del paisaje típico de Fuerteventura extendiéndose por las llanuras del interior y colonizando las zonas de cultivo abandonadas. Esta es una de las especies que ocupa grandes áreas de matorral, también podemos destacar los espinos, matamoros y rama, entre otras.

Verodes, tabaibas y cardones también predominan en ciertas zonas. Los tabaibales aparecen en ciertas lomas y escarpes. Los cardonales están circunscritos a zonas del sur, en Jandía, donde existe una especie endémica, el cardón de Jandía.

Son las palmeras y tarajales prácticamente los únicos elementos arbóreos de la vegetación autóctona, se encuentran en cauces de barrancos, fondo de los valles, y especialmente, a los bordes de antiguas “gavias”; que son unas terrazas de cultivo que se creaban para un mayor aprovechamiento del suelo y el agua existentes.

Alredeor de los cauces de los barrancos con agua crece un matorral denso encabezado por los matomoros. En los saladares también es común ver esta planta, así como especies como el salado, saladillo, mato y tebete.

Entre las especies que podemos encontrar en las zonas arenosas, cerca de la costa (playas y dunas) podemos destacar la uva de mar y los balancones. Adentrándonos en tierra, los arenales suelen presentar especies vegetales como corazocillos, algahuera, salado blanco, saladillo, criadilla,..

En las zonas altas de Jandía podemos encontrar especies endémicas de monteverde como el joraos, magarza, tajinaste de Jandía y acebuche.  También es importante destacar la presencia de especies de líquenes, que forman costras completamente adheridas a las rocas, creando paisajes multicolores. En los malpaíses podremos encontrarnos con dos especies de líquenes: el aicán y la orchilla, que también nos podemos encontrar en las rocas de llanos, lomas y zonas rocosas.