El municipio vió sus comienzos a principios del siglo XVI tras el asentamiento de pescadores y pastores. Ya en 1.708 se construyó una ermita a Ntra. Sra. de Regla que dependía de Betancuria. En 1.711 Pájara se convierte en parroquia, más tarde en 1.729 se establece la milicia para vigilar esta parte de Fuerteventura.

En 1.812 el Ayuntamiento de Pájara consigue la independencia. Actualmente forman parte de este municipio los pueblos de: El Cardón, Chilegua, La Lajita, Matas Blancas, El Puertito, Puerto de la Peña (Ajuí), Toto y Morro Jable.

La superficie total del municipio de Pájara es de 383,6 km² , disponiendo de 70 km de playas, las más importantes de la Fuerteventura, las playas de Sotavento y de Barlovento, en Jandía. La capital del municipio se encuentra a una altura de 196 m. La población de Pájara está concentrada principalmente en las costas de la península de Jandía. La alturma máxima de la Isla se registra en este municipio, y corresponde al Pico de la Zarza, que se levanta con 807 m. de altura.

El turismo es la base fundamental de la economía de Pájara, siendo Jandía el principal centro turístico de Fuerteventura. La agricultura existente está basada principalmente en el tomate y la papa. La ganadería también es importante, siendo el pastoreo de la cabra el principal. Sin ser de gran importancia, en los puertos de Ajuí, La Lajita y Morro Jable se desarrolla la pesca como otro aspecto más de la economía de Pájara.

Las fiestas locales son: Nuestra Señora de Regla, el 2 de junio, y Nuestra Señora del Carmen, el 16 de julio.